Danke für die Hinweise. Nach langen Experimenten hat leider nichts funktioniert - irgendwo scheint es doch noch eine Verknüpfung zu geben, die ich nicht finden kann.
Werd mal den Entwickler anschreiben. Irgendwie muss es ja gehen.

Wenn die IDs neu generiert werden sollen, würde ich die Tabelle ohne IDs exportieren und in eine neue Tabelle, bei der die ID als integer, auto_increment und primary key definiert ist, wieder importieren.

http://msdn.microsoft.com/de-de/library/ms178642.aspx

set @i = 10001
WHILE (SELECT ID FROM TABLE) > 0
BEGIN
   UPDATE TABLE as T SET NR = @i where T.ID = TABLE.ID
   set @i = @i+1  
END

--> Ungetestet, einzig mal ein Lösungsansatz

Eine andere Lösung ist natürlich das ganze mit einem PHP Script zu schreiben.

da dies nichts mit CMSms zu tun hat, aber hier sicher jemand ist, der es weiß, stelle ich die Frage einfach mal am Stammtisch:
Bei einem Kunden läuft eine Faktura-Software auf MySQL-Basis. Nun sollen sämtliche, bisher willkürlich vergebene, Kundennummern zurückgesetzt werden auf 10001 fortlaufend.
Das Feld in der Datenbank habe ich schon gefunden und es ist auch nicht der Primärschlüssel. Ich habe auch bei CMSms oder anderen Systeme immer mal wieder Arbeiten direkt an der Datenbank vorgenommen - in der Regel suchen und ersetzen.
In diesem Fall wäre wahrscheinlich das hier gar nicht so falsch:

[== SQL ==]
UPDATE tabellenname SET spaltenname=wert

Allerdings soll ja nicht jeder die selbe Nummer bekommen sondern eben aufsteigend von 10001 bis hin zum letzten Datensatz. Ich habe nur etwas gefunden, was den aktuellen wert einfach um z.B. 1 erhöht. Aber es sollen eben alle Werte neu und gleichzeitig aufsteigend gesetzt werden.
Gibt's da einen direkten Weg/Befehl?