Die Klasse clearfix wird öfter in Modulen von CMSms verwendet. Man sollte diese im eigenen Stylesheet angeben.

.clearfix {clear:boath}

.clearfix {clear:both}

both ist korrekt. Wir wollen ja kein boat 

.clearfix {clear:boath}

Ein Clearfix in welcher Element untergebracht auch immer soll gegen den IE- Guillotine-Bug vorbeugen. Der schneidet gerade hover-effekte in Floats ab (wie beispielsweise ein Drop-Down Menü im gefloateten Bereich).
Nun gut falls dieser Bug von Haus aus nicht bei dir auftritt solltest du die Klasse im Template bedenkenlos umbenennen können. Es sei denn, du verwendest diese Vorgehensweise an anderer Stelle um Floats aufzuheben.
Das Modul SiteMap Made Simple habe ich noch nie verwendet. Für ganz normale Sitemaps mit der von dir gezeigten Struktur verwende ich den UDT {sitemap}. den kann man relativ leicht auch anpassen - die dafür verantwortliche Datei liegt unter plugins/function.sitemap.php.

[== html ==]
<ul class="clearfix">
<li><a href="http://www.domain.com/"> Home </a>

Ich möchte die class 'clearfix' gegen eine eigene 'sitemap' ersetzen.
Ich habe im Modulordner dateiübergreifend nach clearfix gesucht, konnte aber nichts finden.

Wo liegt das Template, in der die UL der Sitemap enthalten ist???